В XVI -XVII вв. монастырь стал местом заточения аристократических узниц. Среди его мона­хинь и стариц - дочь и племянница Ивана III , жена Василия III Соломония Сабуро­ва, жена князя Влади­мира Старицкого Евпраксия, жена цареви­ча Ивана Евдокия, одна из жен Ивана Гроз­ного Анна Васильчикова. 19 лет провела в монастыре первая жена Петра I Евдокия Лопухина. В подклете Покровского собора поко­ится прах более 20-ти именитых инокинь.

За оградой монастыря, слева от ворот, сохранилось зда­ние бывшей Приказной избы XVII века, где находилась кан­целярия монастыря, а подвальное помещение служило мес­том заключения провинившихся монастырских крестьян.

Центральным памятником ансамбля является Покровс­кий собор (1510 - 1518), который отличает монументальность архитектурного решения. Сооруженный на высоком подкле-те, храм имеет три мощные алтарные апсиды и увенчан асим­метричным трехглавием. С четырех сторон здание окружает открытая галерея, порталы собора богато декорированы.

В XVI столетии собор не имел настенных росписей, пол был вымощен черными керамическими плитами небольших размеров.

Подклет здания служил усыпальницей для знатных зат­ворниц монастыря.

С шатровой колокольней (XVI - XVII) собор связан осо­бым переходом - соборной папертью, построенной в XVIII веке. Интерес представляет нижняя часть колокольни как образец ранних столпообразных построек.

К северу от Покровского собора находится двухэтажное здание Зачатьевской трапезной церкви, возведенной в 1551 году. Ее основу образует расположенная на втором этаже одностолпная трапезная палата, к которой примыкала часть собственно трапезной церкви. В подклетном этаже распола­гались служебные помещения.

Трапезная выделяется среди других зданий монастыря необычным для русского зодчества идущим по карнизу пояс­ком из красных ромбов, а также особой техникой кладки. По­добный декор отличает некоторые памятники Польши, что дает основание предполагать возможность участия в строи­тельстве польских зодчих.

К трапезной примыкает построенная в XVI веке ориги­нальная звонница, шестигранная форма башни которой, оче­видно, заимствована из деревянного зодчества.

Ограда и башни монастыря построены в XVII - XVII вв.